Una base de datos relacional bien concebida es un sistema poderoso y una de las pocas aplicaciones informáticas de la que se obtiene más de lo que se ha introducido. Por ejemplo, cuando el nombre científico de la bien estudiada trucha arcoiris fue cambiado de Salmo gairdneri a Oncorhynchus mykiss, nosotros sólo necesitamos 5 minutos para cambiar el nombre en la tabla SPECIES, cambiar el estado del antiguo nombre en la tabla SYNONYMS, e introducir el nuevo. Este simple cambio, sin embargo, puso al día las diversas listas para los 69 paises donde la especie se encuentra o fue introducida, y asoció al nuevo nombre válido de la especie 150 referencias, 57 nombres comunes, 21 sinónimos y más de 1 000 registros en 18 tablas asociadas.

FishBase no solo hace una asociación permanente entre las referencias y los nombres válidos, también graba los nombres que fueron usados originalmente en la publicación (véase ‹ La tabla BIBLIO › más arriba). Esto nos permitió crear una rutina que lista todos los cambios nomenclaturales descubiertos hasta el momento por el equipo FishBase en los trabajos taxonómicos importantes. Para más de 400 publicaciones con al menos un nombre obsoleto, esta rutina produce una lista de los nombres inválidos con el número de la página donde el nombre se usa, y proporciona la situación actual en un taxon más alto, un sinónimo más antiguo, con una ortografía correcta o una buena identificación.

[Nótese que en algunos casos, las referencias que no incluyen nombres de especies, por ejemplo, los atlas oceanográficos, o contribuciones similares con informaciones aplicables a una o muchas especies de peces, se asocian a estas especies].