La clasificación usada para las especies (Parte III del Catalog) y para los géneros (Parte IV del Catalog) son la misma, pero la clasificación ha sido modificada desde la publicación de 1990 (Eschmeyer 1990). El objetivo original era proporcionar un marco apropiado para los órdenes, familias y sub-familias (y eventualmente sub-órdenes). La parte de la clasificación era secundaria al objetivo de recopilación de las Partes I y II del Catalog. Desgraciadamente, ninguna clasificación está actualmente aceptada por el conjunto de los ictiólogos, y en cambio hay numerosos trabajos sobre la clasificación de los taxa de categorías superiores. La mayoría de ellos siguen la clasificación de Nelson (1994), y nosotros por lo general también la hemos seguido. Al mismo tiempo, los estudios cladísticos, a menudo fundados sobre el examen de muy pocas muestras de taxa en cada taxon superior, producen hipótesis de parentesco que necesitan una confirmación posterior por otros especialistas. La cladística ofrece una metodología racional y lógica para estudiar las relaciones entre taxa, pero las reversiones, los paralelismos, y los problemas de la polarización de caracteres y la selección del grupo externo para esa polarización pueden ser problemáticos. A menudo, diversos árboles producidos por programas informáticos presentan diferencias substanciales entre ellos. Adoptar cada nueva hipótesis propuesta no es garantía en un trabajo como este, donde una cierta estabilidad es deseable para la comunicación con una gran audiencia. El objetivo de la clasificación es reagrupar los géneros y las especies emparentadas, más que intentar reflejar las ramificaciones menores de sus relaciones. Por ejemplo, si un estudio reciente muestra que un grupo de géneros de una familia constituye un conjunto especializado en el seno de esta familia, o altamente modificado de otra familia, estos géneros son desplazados a una nueva familia, aunque puedan quedar agrupados allí en el seno de una sub-familia para exprimir sus estrechas relaciones. En algunos grupos, las sub-familias no se usan, aunque pueden ser usadas en la literatura actual; éstas incluyen familias con pocos géneros, o familias importantes como los Cyprinidae en las cuales algunas sub-familias especializadas puedan ser definidas, pero no existe un acuerdo general sobre su subdivisión exhaustiva.

Los sinónimos de los nombres del grupo-familia no son indicados, y el índice de los taxa superiores al final de las Partes III y IV no comprende más que los nombres efectivamente citados. De todas maneras, es posible determinar la posición actual de una familia o de una sub-familia ausente explícitamente de nuestra clasificación. Si encontramos una especie cuya familia no figura en nuestra clasificación, deberemos buscar en la parte II del Catalog el nombre del género que la constituye (los nombres de las familias y de las sub-familias se construyen adjuntando respectivamente el sufijo -idae e -inae al radical de un nombre de género) y veremos en qué familia se ubica actualmente ese género.

Los nombres del grupo-familia usados en la clasificación siguen el uso actual. Algunos de los problemas relacionados con los nombres del grupo-familia incluyen nombres recientes usados en lugar de los más antiguos (deberían ser reemplazados por los más antiguos a no ser que se presente algún caso para retener el nuevo nombre), errores de ortografía o una doble ortografía usada indiferentemente en la literatura (por ejemplo Engraulidae y Engraulididae). Véase Robins et al. (1980 : 4 [ref. 7111], Steyskal 1980 [ref. 14191], y Géry 1989 [ref. 13422]). Estos problemas no se tratan directamente en el Catalog, pero se hacen algunos comentarios sobre los nombres del grupo-familia al mencionar su género-tipo (véase por ejemplo Phosichthys y Bovichtus).

Hay géneros o especies que no están clasificados en una familia. Algunos se basan en especímenes míticos, indeterminables, o el nombre se proporciona sin su descripción ; la mayor parte de estos son nombres no disponibles. A menudo están clasificados en una clase, un orden o un sub-orden. En la lista de los géneros, los géneros no clasificados en en una familia aparecen al final. El nombre interno de esta tabla es LINEAGES.