A primeira maneira de organizar e armazenar informação de base sobre animais ou plantas consiste em associá-la a taxons (tipicamente as espécies) [ordená-las por assunto como pela visão ou alimentação é outro processo]. É importante compreender bem (1) porque razão as boas bases de dados são essenciais para estudar a biodiversidade, (2) o que a taxonomia implica, (3) porque uma classificação hierárquica é útil, e (4) porque as classificações e os nomes mudam, o que torna mais difícil a nomenclatura e a actualização das informações com fins de inventário, de exploração, de comércio, de conservação, etc.

Os taxonomistas têem duas tarefas importantes: dar nomes aos organismos e produzir classificações. O sistema de classificação hierárquica e binomial (possui dois nomes) foi estabelecida por Linnaeus em 1758. Este sistema foi codificado em 1842 (Strickland et al. 1843), e tornou-se o sistema utilizado por todos os zoólogos do mundo desde 1843, com alterações e melhoramentos sucessivos. (O "Código" actual seguido por todos os zoólogos é discutido no Apêndice A do Catalog). O binome duma espécie consiste num nome genérico e de um nome específico. Um género pode conter mais de uma espécie, e as espécies são integradas num género segundo as sua afinidade genética (principalmente a partir das diferenças e semelhanças morfológicas, embora hoje em dia as técnicas bioquímicas forneçam novas informações suplementares). As subespécies são às vezes utilizadas para definir taxa de categoria inferior à espécie. Numa primeira etapa, os taxonomistas descobrem ou descrevem a espécie (1) comparando os espécimes recolhidos no terreno e/ou conservados nos museus, (2) estudando a variabilidade dos caracteres, (3) agrupando os espécimes nos taxa da categoria espécie, (4) comparando estas espécies com as já descritas, (5) nomeando-as segundo regras específicas (Código Internacional de Nomenclatura Zoológica 1985), e (6) publicando a descrição associada ao novo nome nas revistas científicas ou em livros. As monografias contêem tratamentos aprofundados acerca de todas as espécies de um grupo, como um género ou uma família. Elas representam um resumo de todas as informações mais recentes sobre esse grupo.

Numa segunda etapa, os taxonomistas produzem classificações. Estas são úteis porque têem informações sobre as relações entre os taxa. Por exemplo, quando uma substância química interessante do ponto de vista farmacêutico é descoberta numa determinada espécie, os bioquímicos podem rapidamente investigar essa substância em espécies geneticamente próximas que as poderão também possuir. Todas as espécies do mesmo género deverão partilhar numerosas propriedades comportamentais, bioquímicas, ecológicas e biológicas por serem aparentadas do ponto de vista evolutivo. O efeito da poluição sobre uma espécie numa região deverá ser semelhante numa espécie próxima numa outra região. As espécies duma mesma família (categoria fundamental imediata) partilham, do mesmo modo, numerosas caracteristicas. As classificações têem, portanto, um valor predictivo. Desde os anos 60, a maior parte dos taxonomistas utilizaram o método cladístico para estabelecer classificações que se fundamentam sobre a noção de caracteres derivados partilhados (ou reflectem as relações de parentesco entre os taxa pré-definidos, objecto de estudo.

Por causa da natureza mutável destas classificações e destes nomes científicos, é quase impossível saber sobre qual nome de espécie, género, ou família se encontra a informação pertinente na literatura ou nas colecções. Po exemplo, o nome do género e o nome específico da truta-arco-íris, género e espécie, mudou em 1989 (ver Smith & Stearley 1989). Milhares de publicações citam Salmo gaidneri, embora o seu nome seja agora Oncorhynchus mykiss. Oncorhynchus substituíu o nome de género Salmo apoiado em provas fósseis mostrando que as trutas-do-pacífico são mais aparentadas com o salmão-do-pacífico do que com o salmão-do-atlântico (tipo do género Salmo). As trutas e salmões-do-pacífico são agora classificados no género Oncorhynchus. O nome específico gaidneri foi substituído por mykiss quando foi sugerido que a espécie mykiss do Kamchatka, Rússia, é a mesma que gairdneri; como mykiss foi descrita em primeiro lugar, este tem a prioridade.

Uma outra actividade importante do taxonomista é a de estabelecer "sinónimos" para resumir o conhecimento acumulado anteriormente, sobre uma espécie, sob nomes específicos diferentes. Infelizmente, estes últimos mudam:

1. Uma espécie pode ter sido descrita mais do que uma vez (por causa de origens geográficas distantes, de diferenças sexuais, de espécimes atípicos, ou da simples ignorância da existência de uma descrição anterior). À medida que estas "duplicações" vão sendo descobertas, o primeiro nome associado a uma descrição é escolhido como válido, obrigando muitas vezes a alteração de nome, tal como no caso da truta-arco-íris.

2. Em função da sua percepção das relações de parentesco, os cientistas podem ter opiniões diferentes sobre as espécies a incluir ou a retirar dum mesmo género. Se uma espécie está classificada num outro género, que não o seu género aquando da sua descrição original, somente a primeira metade genérica do binome muda; a terminação do epíteto específico também pode mudar se fôr um adjectivo que, conforme as regras do código de nomenclatura, tenha de concordar com o género gramatical do nome genérico.

3. Algumas vezes os nomes são alterados por razões técnicas.

Um outro problema é que estes nomes científicos são frequentemente mal escritos nas publicações científicas, nos registos das colecções dos museus, ou pelos serviços de documentação. Muitas vezes um nome está mal escrito porque a ortografia original não foi verificada pelos autores subsequentes. Se bem que actualmente hajam discussões sobre a maneira de integrar os fósseis nas classificações, e sobretudo da maneira dos tratar ao nível das categorias superiores, o sistema actual será provavelmente o utilizado durante muitos anos. A redução dos nomes também não funcionou. Frequentemente, os nomes comuns são mais estáveis que os científicos e podem ser úteis em certos grupos.

ITZN 1985. International Code of Zoological Nomenclature. The International Trust for Zoological Nomenclature, London.

ITZN. 1999. International Code of Zoological Nomenclature. The International Trust for Zoological Nomenclature, London, UK. 306 p.

Smith, G.R. 1989. The classification and scientific names of rainbow trout and cutthroat ttrouts. Fisheries 14(1):1-10.

Strickland, H.E. et al. 1843. Report of a committee appointed "to consider the rules by which the Nomenclature of Zoology may be established on a uniform and permanent bassis". Brit. Assoc. Adv. Asi. Rept. 12th Meeting. 1842: 105-121.