Foram incluídas várias bases de dados do utilizador, como módulos da FishBase, e que assim, podem ser mantidas e actualizadas. Assim, é possível fazer passar a FishBase duma função passiva de fornecer informação, para uma função activa na realização de relatórios para investigadores, mergulhadores, pescadores desportivos, aquariófilos, pequenos museus, Reservas Naturais, aquários públicos, projectos de pescarias, etc. Basicamente os utilizadores podem introduzir, actualizar ou imprimir toda a informação relevante para a sua colecção de peixes. Podem também juntar as suas próprias fotografias digitalizadas (em formato JPG, GIF, PCX ou BMP). Ao mesmo tempo, toda a informação que a FishBase tem nessas espécies -incluindo mapas e fotografias- está facilmente acessível através dum simples clicar do rato. A base de dados do utilizador reside no disco rígido e pode ser gravada em disquete para "backup"; não será apagada pelas versões actualizadas da FishBase. Também a poderá Reparar no caso de ter algum erro, e Compactá-la para um ficheiro lixo, assim reduzindo o tamanho do directório C:\FishBase. Contamos com a sua opinião sobre o funcionamento destes módulos para os podermos melhorar no futuro.

Rainer Froese