A classificação utilizada para as espécies (Parte III do Catalog) e para os géneros (Parte IV do Catalog) é a mesma, mas é diferente da que foi publicada em 1990 (Eschmeyer 1990). O objectivo original era o de fornecer um elenco das ordens, famílias e sub-famílias (e eventualmente das sub-ordens). A parte classificação era secundária em relação ao objectivo de compilação das Partes I e II do Catalog. Infelizmente, nenhuma classificação é actualmente aceite pelo conjunto dos ictiologistas, e numerosos trabalhos estão em curso sobre a classificação dos taxa das categorias superiores. Numerosos de entre eles, seguem a classificação de Nelson (1994) que nós também seguimos. Por outro lado, os estudos cladísticos, frequentemente fundados no exame duma amostra fraca de taxa por taxon superior, produzem hipóteses de parentesco que necessitam de uma confirmação posterior de outros especialistas. A cladística oferece uma metodologia racional e lógica para estudar as relacões entre os taxon, que ainda se encontra dependente de problemas de paralelismo e de selecção de extra grupos para a polarização dos caracteres. Muitas vezes numerosas árvores produzidas pelos programas informáticos apresentam diferenças substanciais entre elas. Adoptar cada nova hipótese proposta não é desejável num trabalho como este, em que uma certa estabilidade é necessária na comunicação com uma vasta audiência. O objectivo da classificação é o de agrupar os géneros e as espécies aparentadas sem contudo reflectir as ínfimas ramificações entre si. Po exemplo, se um estudo recente mostra que um grupo de géneros duma família constitue um conjunto especializado no seio duma família, ou altamente modificado duma outra família, esses géneros são deslocados para uma nova família, ficando agrupados numa sub-família para exprimir as suas relações mais estreitas. Algumas sub-famílias utilizadas na literatura actual não foram aqui nomeadas para famílias que não compreendem que alguns géneros, ou para famílias como os ciprinídeos, em que não existe um acordo geral sobre a sua subdivisão exaustiva, quer dizer, mesmo se algumas sub-famílias pudessem ser facilmente definidas.

Os sinónimos dos nomes dum grupo-família não são indicados, e os índices dos taxon superiores, em fim as Partes III e IV, não compreendem senão os nomes efectivamente citados. Entretanto, é possível determinar a posição actual duma família ou duma sub-família ausente explicitamente da nossa classificação. Se se dispõe, para uma espécie, duma família que não se encontra na nossa classificação, será suficiente procurar na Parte II do catálogo o nome do género que constitui a raíz do nome desta família (pois que os nomes das famílias e das sub-famílias são assim construídos, juntando, respectivamente, os sufixos -idea- e -inae- ao radical do nome do género); a família actual deste género é aí indicado.

Os nomes do grupo-família utilizados na classificação seguem o uso corrente. Alguns problemas persistem, contudo, no que concerne à precedência (o nome mais recente é utilizado no lugar do mais antigo), aos erros ortográficos ou a duplas ortografias utilizadas indiferentemente na literatura (p.ex., Engraulidae e Engraulididae). Ver Robins et al. (1980:4 [ref. 7111], Steyskal 1980 [ref. 14191], e Géry 1989 [ref. 13422]. Estes problemas não são tratados directamente no Catalog, mas são feitos alguns comentários sobre os nomes do grupo-família na menção do seu género-tipo (ver p.ex., Phosichthys e Bovichthyis).

Alguns géneros ou espécies não estão classificados numa família. Alguns deles são baseados em espécimes míticos, indetermináveis, ou o nome é dado sem descrição; a maior parte são nomes indesponíveis. São frequentemente classificados numa classe, ordem ou sub-ordem. Na lista dos géneros, os géneros não classificados aparecem no fim. O nome interno desta tabela é LINHAGENS.