FishBase est une base de données volumineuse. Les informations sur la biologie des poissons sont structurées en plus de 1 000 champs dans 60 tables principales et 70 tables utilitaires totalisant plus d'un demi-million d'enregistrements. Les fichiers de données contiennent actuellement plus de 200 millions de caractères. Si nous supposons qu'une page d'un livre contient environ 5 000 caractères et qu'une carte ou une illustration occupe un cinquième de page, alors les informations compilées jusqu'à présent par l'équipe FishBase et ses collaborateurs représentent une encyclopédie de 40 tomes de 1 000 pages chacun.
Plus de 400 formulaires et procédures prédéfinies arrangent ces informations en une multitude d'écrans et de rapports. Ils ont été conçus pour satisfaire nos propres besoins ainsi que les besoins supposés des utilisateurs de FishBase en général. Si une présentation spéciale vous est nécessaire, faites-le nous savoir et nous en tiendrons compte pour la version suivante de FishBase. Vous pouvez également acheter le logiciel de gestion de bases de données Microsoft Access 97 et créer vos propres rapports (voir ‹ FishBase et Microsoft Access ›, ce volume).
Nous vous présentons dans ce manuel une description des informations contenues dans FishBase, et les moyens d'y accéder et de les présenter. Quelques-uns des champs mentionnés peuvent rester invisibles, masqués sous forme de boutons. Par exemple, les informations sur les personnes qui ont entré, modifié ou vérifié les données sont accessibles par le bouton Status, ainsi que des codes internes tels que SpecCode et StockCode. Le fichier README sur le CD-ROM Database contient des renseignements sur chaque changement, par exemple dans les procédures prédéfinies.
Si vous souhaitez trouver des informations sur une espèce donnée, cliquer sur le bouton Species dans la fenêtre MAIN MENU. Vous pouvez aussi sélectionner les espèces par sujet, par exemple pour produire une liste de toutes les espèces pour lesquelles des données de croissance sont disponibles. Vous pouvez rechercher l'espèce par un nom scientifique ou vernaculaire (= commun), ou le choisir parmi la liste des espèces d'une famille ou d'un pays. Vous pouvez également utiliser la procédure Quick Identification.
Cliquer sur le bouton Scientific name vous permet de sélectionner les noms génériques et spécifiques dans des listes alphabétiques déroulantes, ou d'entrer les premières lettres du nom, auquel cas FishBase proposera automatiquement le premier nom disponible par ordre alphabétique en cours de frappe. Dans le premier cas, cliquez sur la petite flèche à droite du champ. Une fois que vous avez entré un nom générique, la liste des noms spécifiques est restreinte à ce genre. Cliquer sur le bouton Find vous reporte à l'espèce sélectionnée. Si plus d'un nom correspond au nom que vous avez entré, la liste des espèces possibles sera affichée. Double-cliquer sur une ligne vous reportera à l'espèce désirée.
Cliquer sur le bouton Common name vous invitera à entrer un nom vernaculaire. Le caractère générique (*) est ajouté automatiquement à votre entrée, ainsi FishBase cherche toutes les occurrences du terme dans les noms, par exemple une recherche sur ‹ morue › retournera ‹ morue ›, ‹ morue langue ›, ‹ morue de l'Atlantique › ainsi que ‹ loche morue ›. FishBase traite les caractères diacritiques disponibles sous Windows, c'est-à-dire que les noms vernaculaires peuvent comprendre les caractères suivants : à, á, ã, ä, å, æ, ç, è, é, ê, ë, ì, í, î, ï, ñ, ò, ó, ô, õ, ö, ø, ù, ú, û, ü, ß, etc. Cliquer le bouton Find affiche les noms vernaculaires associés à leur pays d'utilisation et au nom scientifique correspondant. Double-cliquer sur un nom renvoie aux informations sur l'espèce dans la vue SPECIES. Vous pouvez également cliquer sur le bouton Browse à droite du champ et sélectionner un nom dans la liste alphabétique. Si vous avez entré un pays et une langue, la liste sera restreinte aux noms communs usités dans ce pays et cette langue. Cette fonctionnalité vous permet, par exemple, de trouver le ‹ tiof ›, c'est-à-dire Epinephelus aeneus en wolof, une langue parlée en Afrique de l'Ouest.
L'option de recherche par famille (bouton Family) vous permettra de choisir ou d'entrer le nom d'une famille de la même façon que pour les noms de genre et d'espèce. Cliquer sur le bouton List species affiche une liste de toutes les espèces disponibles dans cette famille par ordre alphabétique avec l'auteur et le nom commun FishBase. Double-cliquer sur une ligne vous renvoie aux informations sur l'espèce dans la vue SPECIES.
Vous pouvez également sélectionner une espèce marine ou dulçaquicole dans une liste pour un pays donné (bouton Country). De nouveau, double-cliquer sur une ligne vous reporte dans la vue SPECIES.
Cliquer sur le bouton Search by topic affiche les principaux types d'informations traités dans FishBase, et vous permet de retrouver rapidement toutes les espèces d'un pays, d'un ordre ou d'une famille pour lesquelles de telles données sont disponibles.
L'identification des poissons n'est qu'un à-côté de FishBase. Nous ne pouvons pas encore imaginer des personnes sur le terrain autour d'un ordinateur portable pour identifier leur capture, bien que ce temps puisse venir. Feuilleter un guide de terrain avec de bonnes illustrations tel que Humann (1994) ou Lieske et Myers (1994) reste encore le moyen le plus rapide et le plus pratique pour trouver des informations sur les espèces les plus communes et les plus reconnaissables. Faire des identifications scientifiques précises exige une approche entièrement différente : elles doivent être conduites en laboratoire par des personnels compétents avec des matériels adaptés.
D'un autre côté, les bases de données relationnelles conviennent dans une certaine mesure à des fins d'identification quand un grand nombre d'espèces est impliqué (Froese 1989, 1990 ; Froese et Papasissi 1990 ; Froese et al. 1989, 1990). Moyennant quelques questions-réponses simples, FishBase peut mener l'utilisateur à une courte liste d'espèces possibles avec des illustrations, des caractéristiques morphologiques et des repères bibliographiques pertinents. Comme de nombreux guides de terrain, nous utilisons des pictogrammes pour permettre une comparaison visuelle rapide du spécimen à identifier avec des dessins généraux des principaux groupes de poissons. Pour le grand nombre d'espèces à conformation typique de poisson, l'approche que nous avons choisie est inspirée de la clef d'identification Fin formula key to bony fishes de Smith et Heemstra (1986). Elle est fondée sur le fait que chez la plupart des espèces de poissons osseux (soit les Ostéichthyens sans les Tétrapodes), les caractères méristiques des nageoires dorsales et anales (c'est-à-dire le nombres de rayons des nageoires) sont relativement stables et faciles à compter. En combinant la région géographique, le type d'eau habité (eau douce, saumâtre ou de mer), la taille et une classification taxinomique au niveau de l'ordre ou de la famille, le système de recherche restreint rapidement le nombre d'espèces possibles (voir aussi ‹ La table MORPHOLOGY ›, ci-dessous).
Cliquer sur le bouton Quick Identification vous permet de préciser le pays (Country), le continent (Continent), l'océan (Ocean), l'environnement (Environment) et la gamme de profondeur (Depth range) où vous avez échantillonné votre(vos) spécimen(s) pour restreindre le nombre d'espèces possibles. Vous pouvez laisser ces champs vides si vous ne disposez pas de ces informations. Si vous connaissez déjà l'ordre (Order), la famille (Family) ou le genre (Genus), cliquer alors sur le bouton Taxa pour entrer l'information nécessaire et commencer la recherche.
Si vous n'êtes pas familier de la classification taxinomique de votre(vos) spécimen(s), cliquer sur le bouton Pictures pour afficher les pictogrammes des familles qui peuvent facilement être reconnues par leur silhouette (voir la Fig. 3). Après avoir identifié un groupe, vous pouvez encore ajouter le nombre de rayons des nageoires ou sélectionner un genre.
Cliquer sur le bouton Fin rays vous permet d'entrer le nombre de rayons des nageoires dorsales et anales. La liste résultante sera limitée aux espèces pour lesquelles ces nombres sont disponibles dans FishBase, à moins que l'ordre ou la famille soit également spécifié. FishBase 99 contient ces nombres pour environ 5 300 espèces d'Ostéichtyens. Les données sont complètes par exemple pour la Colombie Britannique (Canada), le Japon et l'Afrique du Sud. Nous avons programmé de traiter tous les Téléostéens du Pacifique ouest pour pouvoir appliquer cette procédure à une zone plus étendue. Nous projetons aussi de développer une procédure d'identification similaire pour les poissons cartilagineux (Chondrichtyens). Les suggestions ou offres de collaboration sur ce sujet seront très appreciées.
Fig. 3. L'écran d'identification rapide de FishBase 99. La ligne inférieure présente une courte description des caractères principaux du groupe désigné par le bouton actif, ici la lamproie.
Comment y arriver
Cliquer sur le bouton Species de la fenêtre MAIN MENU puis sur le bouton Quick Identification dans la fenêtre SEARCH BY …
Références
Baylac, M. 1996. Morphométrie géometrique et systématique, p. 73-89. In : J. Lebbe (coord.) Informatique et systématique. Byosystema 14.
Froese, R. 1989. Computer-aided approaches to identification. II. Numerical taxonomy. Fishbyte 7(3) : 25-28.
Froese, R. 1990. Moderne Methoden zur Bestimmung von Fischlarven. Universität Hamburg. Thèse de Doctorat. 260 p.
Froese, R. et C. Papasissi. 1990. The use of modern relational databases for identification of fish larvae. J. Appl. Ichthyol. 6 : 37-45.
Froese, R., W. Schöfer, A. Röpke et D. Schnack. 1989. Computer-aided approaches to identification of aquatic organisms : the use of Expert Systems. Fishbyte 7(2) : 18-19.
Froese, R., I. Achenbach et C. Papasissi. 1990. Computer-aided approaches to identification. III. (Conclusion). Modern databases. Fishbyte 8(2) : 25-27.
Humann, P. 1994. Reef fish identification, Florida, Caribbean, Bahamas. New World Publication, Jacksonville, Florida. 426 p.
Lieske, E. et R.A. Myers. 1994. Collins pocket guide. Coral reef fishes. Indo-Pacific & Caribbean including the Red Sea. Harper Collins Publishers, Italy. 400 p.
Smith, M.M. et P.C. Heemstra, Editors. 1986. Smith's sea fishes. Springer Verlag, Berlin. 1047 p.
Rainer Froese and Rodolfo B. Reyes, Jr.